תורת ארץ ישראל כוללת את כל מקצועות התורה, ובאופן כללי שני חלקי התורה המעשי והרוחני, ההלכה ואגדה.
התלמידים עוסקים בישיבה בין בלימוד אישי ובין בשיעורים במקצועות השונים שבתורה: גמרא עיון ובקיאות, הלכה ומדרש, אמונה ותנ"ך, חסידות ומוסר.
השיעורים הייחודיים שקשורים לתורת ארץ ישראל, הם השיעור הכללי בגמרא, שיעור במדרש ושיעור בתלמוד הירושלמי (באותה מסכת שבה עוסקים בלימוד בתלמוד הבבלי). מלבד זאת שיעורים אחרים בעיקר במשנתו של הרב קוק, עוסקים ומפתחים את האמונה ואת האישיות בכלל על פי השקפתה של תורת ארץ ישראל

תורת ארץ ישראל אינה רק כוללת אלא גם מאחדת את רבדיה השונים של התורה.
כך בישיבה סוגיות הגמרא נלמדות גם על פי סברות מוסריות ורוחניות.
מתוך כך בא לידי ביטוי עיקרון נוסף של תורת ארץ ישראל, והוא האיחוד בין התורה והחיים. אין התורה, הרוח והנשמה סותרים את רובד החיים הקשור לגוף ולחומר. ארץ ישראל במהותה מגלה את הקדושה שבחיים, איחוד התורה והחיים. ערך זה בא לידי ביטוי בלימוד, כאשר ענייני הסוגיא מתקשרים לערכי החיים השונים הרוחניים.ערך זה הוא יסוד השקפתי וחינוכי בישיבה.